A revista eletrônica Biota Amazônia foi concebida no ano de 2007, com o nome Biota Amapaense. Naquela época, a Universidade Federal do Amapá ainda não contava com um sistema de editoração de revista eletrônica, sendo da Biota Amazônia a proposta de implantação do sistema de editoração eletrônico via Open Journal System (OJS). A proposta foi encaminhada à Pro-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, em 2008, com todos as instruções e indicativos de implantação do sistema eletrônico de acesso livre OJS da Universidade de Columbia-Canadá. Somente em 2010, o sistema foi iniciado, e em 2011 o Portal de Periódicos da UNIFAP foi implantado, tendo a Biota Amazônia como uma das primeiras revistas a participar do Portal. Atualmente, a revista tem publicação periódica trimestral, com 4 edições anuais.
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